综合专科排名全国第2位，同时是北京大学血液病研究所，是中国血液病研究和治疗的领先中心。在血液恶性肿瘤诊治和造血干细胞移植方面尤为突出。建立了高水平血液恶性肿瘤标准化诊断平台，在白血病治疗、慢性粒细胞白血病靶向治疗以及骨髓瘤和淋巴瘤管理方面取得显著成果。其造血干细胞移植项目在国际上享有盛誉，约占全国此类移植的四分之一，急慢性白血病长期无病生存率平均超过70%。

全国排名第2位，是国家临床重点学科、教育部创新团队、北京市风湿病学重点实验室，也是亚太风湿病中心。在类风湿关节炎、系统性红斑狼疮和干燥综合征的诊断、治疗和机制研究方面国际知名。在难治性风湿免疫疾病的新型生物制剂、免疫吸附治疗和类风湿关节炎的长程DMARD方案方面处于前沿。

全国排名第7位，由王俊院士领衔，是国家临床重点专科。以微创胸外科和肺癌综合治疗为特色，融合医疗、护理、教育和科研。王俊院士是中国胸腔镜手术先驱，研发的"王氏技术"显著推动了中国微创肺癌手术的发展。

全国排名第8位，1942年4月由著名妇产科专家林巧稚教授创立。在围产期护理、妊娠并发症管理和复杂危重疾病治疗方面经验丰富。在产前诊断方面也取得重要进展。重点领域包括妇科肿瘤、宫颈病变、盆腔器官脱垂、妇科内分泌、微创手术和超声诊断，年门诊量超过15万人次，住院患者数量可观。

全国排名第9位，1944年由著名骨科专家、中华骨科学会创始人冯传汉教授创立。是中华骨科学会第一个主任委员单位，2010年获批为国家临床重点专科。涵盖创伤、肿瘤、脊柱和关节外科，在严重创伤、关节周围骨折和神经损伤治疗方面处于领先地位。其骨肿瘤中心是国际上规模最大的骨肿瘤中心。

全国排名第10位，是集医疗、教学、科研为一体的现代临床与研究基地。专长于视网膜和玻璃体手术，提供眼前后段综合手术。是全国视网膜疾病治疗领先中心之一，配备先进诊断和治疗技术。年手术量超过5000例，在玻璃体视网膜手术方面保持国内领先地位。